Ngày 19/9/1339, Thiên hoàng Go-Daigo băng hà, Thái tử lên kế vị và lấy hiệu là Thiên hoàng Go-Murakami. Ông dùng lại niên hiệu của cha, tức niên hiệu Ryakuō (1339-1342). Kitabatake Chikafusa trở thành cố vấn của ông[4].

Thời Go-Murakami, cuộc chiến tranh Nam - Bắc triều vẫn tiếp tục. Các cận thần của ông như Kitabatake Chikafusa đã lập nhiều cứ điểm từ Tōhoku, Kantō cho đến Kyuushu để tiếp tục kháng chiến. Không những vậy, Chikafusa cũng là một học giả, đã bỏ công sức viết bộ sử Jinnô shōtōki (Thần hoàng chính thống ký) để biện hộ cho tính chính thống của Nam triều.

Năm 1348, ở Bắc triều của Mạc phủ Muromachi có mâu thuẫn mới. Người em của Takauji là Tadayoshi chủ trương trị quốc một cách ôn hòa, nhưng vấp phải sự chống đối những kẻ muốn tiến nhanh tiến mạnh để giành ngay quyền trị nước mà điển hình là Kō no Moronao (Cao Sư Trực), đang giữ sức chấp sự[5] cho anh mình. Sự đối lập trở nên kịch liệt đến nổi hai bên đã phải dùng đến vũ lực để triệt hạ lẫn nhau vào năm 1350 (Kannō 1, Shōhei 5). Ở các địa phương cũng xảy ra những vụ xung đột. Sử gọi là Kannō no jōran (cuộc nhiễu loạn năm Kannō). Lợi dụng lúc Mạc phủ có loạn và chấm dứt luôn Nam triều để "thống nhất" quốc gia, viên tướng Kō no Moronao bất ngờ đem quân tấn công thẳng vào đại bản doanh của Thiên hoàng tại Yoshino. Quân đội của Thiên hoàng bị bất ngờ nên không thể chống cự lại, hoàng tộc cùng quân đội phải bỏ chạy qua thung lũng Nishiyoshino ở Yoshino, Nara (thuộc tỉnh Yamato). Quân đội của Moronao đuổi theo và bắt giữ Thiên hoàng cùng hoàng tộc tại Otokoyama trong tỉnh Yamashiro. Ở một diễn biến khác, quân Nam triều của Kusunoki Masanori đánh tan Ashikaga Yoshiakira tại trận Shichijō Omiya và ông đánh chiếm luôn Kyoto vào tháng 4/1352, bắt giữ các hoàng đế Nhật Bản như Thiên hoàng Kōgon, Thiên hoàng Kōmyō và Thiên hoàng Sukō và đưa về nam.

Tuy nhiên, Ashikaga Yoshiakira đã phục hồi được lực lượng và đánh tan quân triều đình của Nam triều, chiếm lại được Kyoto. Trong khi đó ở phía nam, Thiên hoàng Go-Murakami và đoàn tùy tùng của ông đã trốn thoát về tỉnh Kawachi trong một cuộc tấn công của Yoshiakira, và âm thầm trở về Yoshino.

Trong năm 1361, Hosokawa Kiyōji và Kusunoki Masanori, những viên tướng trung thành với hoàng tộc Nam triều đã bất ngờ đem quân tấn công Kyoto và chiếm giữ 20 ngày. Bị Yoshiakira phản công dữ dội, quân Nam triều rút lui về nam [6].

Mặc dù quân Nam triều nỗ lực chiếm lại Kyoto, nhưng quyền lực của Thiên hoàng Nam triều ngày càng yếu dần. Ông băng hà ngày 29 tháng 3 năm 1368 (Shohei 23, ngày thứ 11 của tháng thứ 3 âm lịch)[7]. Con trưởng là thân vương Hoàng tử Yutanari sẽ nối ngôi, hiệu là Thiên hoàng Chōkei.

Thiên hoàng Go-Murakami không đặt chức quan nào khi đang ở ngôi.

Go-Murakami là Thiên hoàng đầu tiên thời Nam - Bắc triều sử dụng hai hệ thống niên hiệu song song. Các niên hiệu đó là:

Nam triều:

• Engen (1336–1340)
• Kōkoku (1340–1346)
• Shōhei (1346–1370)

Bắc triều:

• Ryakuō (1338–1342)
• Kōei (1342–1345)
• Jōwa (1345–1350)
• Kannō (1350–1352)
• Bunna (1352–1356)
• Embun (1356–1361)
• Kōan (1361–1362)
• Jōji (1362–1368)
• Ōan (1368–1375)